После прихода Евгения Зиничева в Министерство по чрезвычайным ситуациям в его структуре появилось Главное управление собственной безопасности (ГУСБ).
Ранее в МЧС вопросами собственной безопасности занимался небольшой отдел. Теперь штатный состав подразделения увеличен до 40 сотрудников. На должность руководителя ГУСБ назначен Станислав Цеханов. В полномочия управления входят обеспечение собственной безопасности и противодействие коррупции. Оно контролирует работу всех подразделений ведомства, центрального аппарата МЧС, а также иных организаций, созданных для выполнения задач и осуществления полномочий, возложенных на Министерство по чрезвычайным ситуациям. Это же управление займется «чисткой рядов».
Когда главой МЧС России был Сергей Шойгу, в министерстве существовал так называемый «первый отдел», занимавшийся безопасностью внутри ведомства и отвечавший за охрану министра, в нем работали прикомандированные из силовых ведомств сотрудники. При Владимире Пучкове численность первого отдела существенно сократили – до 10 человек. Новый глава МЧС Евгений Зиничев, который в последнее время был заместителем директора ФСБ, усилил внутреннюю безопасность в ведомстве.
Согласно действующему положению о МЧС, утвержденному указом президента, у министра может быть до восьми заместителей. По новому штатному расписанию их будет 7: первый зам, статс-секретарь, заместитель по подготовке реагирующих подразделений, по оперативной работе, по надзорной деятельности, по финансовому обеспечению, по строительству, материально-техническому и медицинскому обеспечению. В настоящее время у министра шесть заместителей. Должности всех заместителей, кроме статс-секретаря, будут соответствовать званию генерал-полковника внутренней службы. Сейчас это звание носит лишь первый заместитель министра Александр Чуприян. При этом у самого Е. Зиничева звание генерал-лейтенант.
Согласно проекту организационно-штатной структуры центрального аппарата МЧС, в ведомстве будет 4 главных управления вместо одного: пожарно-спасательных сил, надзора, инновационного развития и собственной безопасности. Всего в центральном аппарате МЧС будет 11 управлений. При этом в новой структуре отсутствует департамент развития. Всего штатным расписанием центрального аппарата предусмотрено 817 сотрудников: 480 гражданских госслужащих, 96 военнослужащих и 241 сотрудник ФПС. Таким образом, штат не увеличивается: согласно указу президента от 2016 года, предельная численность работников ЦА МЧС установлена в количестве 825 человек. При этом министерство выделяется в отдельную значимую единицу с усилением функционала и повышением уровня готовности.